各項制度

指定打擊

美國聯盟在1973年開始採行指定打擊（Designated Hitter，簡稱：DH）制度，美聯的投手不需要下場打擊，國家聯盟則一直保持投手需上場打擊，而通常投手會排在第九棒。以歷年的數據看來，國聯由於投手必須打擊，平均打擊率會比美聯低，平均防禦率也比較低。當兩聯盟隊伍交戰時（春訓熱身賽、跨聯盟比賽、明星賽或世界大賽），主場屬於哪一個聯盟就採用哪一種規則。

選秀

美國職棒每年在6月份的第一個禮拜二舉行業餘（Amateur）選秀，官方的正式名稱為第一年球員選秀（First-Year Player Draft），又稱規則四選秀（Rule 4 draft）。選秀一共進行50輪，而從2005年開始，選秀順位完全依照球隊勝率來決定（以往必須要國聯和美聯球隊穿插），由勝率最低的球隊開始選起，依序直到勝率最高的球隊。

選秀會將有兩天時間可以進行，但聯盟也有排定第三天的時程以備不時之需。第一天通常進行20輪，剩下的30輪則留到第二天再進行。輪到的球隊有2分鐘的時間可以考慮，接下來球探一般會馬上播電話通知被選上的球員，而球隊有15天的時間可以單獨跟球員簽約，如果球隊沒能在15天內簽下該球員，球員即取得自由球員資格，如果高中球員選擇進入4年制大學，則球隊在球員到校上課前都還保有簽約權利。如果球員選擇進入2年制大學，則球員在隔年選秀權的前一周，球隊都可以簽約，這個方式稱為「Draft-and-Follow」程序，這個做法的好處是球隊可以多觀察一個球員幾乎多出一年，使得有些球隊特別喜愛在選秀後半段選擇2年制大學的球員。

目前業餘選秀尚不是世界選秀，僅具有美國、加拿大以及波多黎各和其他美國屬地居民資格的球員需要透過這項選秀，台灣、日本、南韓以及中美洲等等其他各地的球員不在此限，各隊可以自由簽約。

每年12月進行的選秀，稱規則五選秀。大聯盟各球隊，可以挑選小聯盟中其他球隊的球員。被挑中的球員，整球季將被登錄在25人出賽名單；若在大聯盟出賽時間短於規定，必須歸還給原來球隊。這個規則主要在於防止太多年輕球員在小聯盟中無法出頭。

球員交易

• 每年7月30日之前，球隊間談好條件，球員即可交易，無需經過讓渡。
• 8月1日至8月31日之間，母隊須將要交易出去的球員移出40人名單，進入讓渡（waiver）名單，讓其他球隊來撿人（claim），撿人依球隊戰績排名，戰績較差的有優先權。讓渡期限是72小時，72小時之內，一旦球員被其他球隊撿走，母隊可以作三種選擇：無條件放人、交易或收回交易，將球員放回40人名單中。72小時後，若球員沒被其他球隊撿走，母隊方有權對球員做出任何異動，包含：下放小聯盟、釋出成為自由球員、交易或繼續留在25人名單中。

9月擴編（September Callup）

9月1日至季賽結束，在大聯盟四十人名單當中的球員可參與大聯盟季賽。這項制度主要給予各球團更大的彈性空間使用球員，已取得季後賽門票的球隊可利用擴編名單調節主力體力，有機會進軍季後賽的球隊則可使用更多球員爭取勝績，最重要的是各球團可利用機會觀察潛力新秀。通常球團會將潛力新秀調入四十人名單，讓其在這個月吸收大聯盟經驗，為來年作準備。